Eindhoven Airport heeft volgens minister Christianne van der Wal (Natuur en Stikstof) geen natuurvergunning nodig. De minister heeft aan de Tweede Kamer laten weten dat er wel een bovengrens voor stikstofuitstoot komt die overeenkomt met de huidige uitstoot. Deze maatregel moet toekomstige toenames van stikstof voorkomen en wordt maandag officieel gemaakt in de Staatscourant.
Milieuorganisaties, zoals MOB, beweren dat er illegaal gevlogen wordt van en naar Eindhoven, omdat er geen natuurvergunning is. Ze voeren juridische procedures tegen het vliegveld aan. Ook Rotterdam Airport heeft volgens de minister geen natuurvergunning nodig. De aanvragen voor een vergunning van beide luchthavens zijn gebaseerd op Europese rechten uit 1994, waardoor een vergunning niet nodig is. Beide luchthavens moeten jaarlijks rapporteren over hun stikstofuitstoot.